在京任官之余，繆荃孫沉溺于金石。因家境一般，只能親力親為。此前他三次入京會試，途中“每逢陰崖古洞，破廟故城，懷筆抵墨，詳悉記錄。或手自椎拓，雖極危險之境，甘之如飴”。

一次到褒城（今屬陜西省漢中市勉縣）石門山訪拓古碑，因逗留太晚，以致“山深月黑，夜不能歸。蜷宿巖下，與丐為伍。明日出險，與友朋言，無不大笑”。

在北京，繆荃孫與李云從往來密切。李云從的父親善拓，常偽造古錢，人稱“小錢李”。李云從十分敬業(yè)，“每拓一碑，必于紙背書在某村、某寺或某家，距某縣城若干里，可謂有心人也已”。

當時請李云從訪碑、拓碑的還有王懿榮、潘祖蔭、葉昌熾、張之洞等，有了新拓本，繆荃孫還會托李云從銷售。離開北京后，繆荃孫在南方與名拓工聶明山（時人稱“北李南聶”）等多有往來。

值得一提的是，1879年，繆荃孫任順天鄉(xiāng)試同考官時，補薦了來自山東的王懿榮，時主考官是大學士徐桐，只愿將王置副榜，經(jīng)繆力爭，王懿榮才得成功。王懿榮被稱為“東怪”，是最早發(fā)現(xiàn)甲骨文的著名學者。

1896年，江南藏碑大家沈樹鏞舊藏散出，計3600多通，葉昌熾想買，適逢獨子去世，情緒低落，繆荃孫則賣掉祖?zhèn)魈锂a(chǎn)，全部購下。

1906年，他刻了《藝風堂考藏金石目》，只計精品，已1.08萬通，比號稱“海內(nèi)第一”的劉喜海多一倍。后來又出了續(xù)篇，新收入1000多通，繆荃孫成為當之無愧的“晚清藏碑第一人”。（《北京晚報》）